Năm 2016, Ngọc Viễn Đông có chủ trương điều chỉnh tăng vốn điều lệ lên 5.400 tỷ đồng theo hướng phát hành thêm cổ phiếu cho các cổ đông hiện hữu. Tuy nhiên, hai cổ đông Cảng Sài Gòn và Vingroup đã không góp thêm vốn. Bến Nghé IDC với phần vốn góp 4.581 tỷ đồng đã trở thành cổ đông kiểm soát tại Ngọc Viễn Đông với tỷ lệ sở hữu 84,82%.
Theo đó, phần vốn góp của Cảng Sài Gòn lúc này chỉ còn chiếm 5,56% vốn tại "siêu dự án" Nhà Rồng - Khánh Hội. Thậm chí, hồi tháng 5/2017, Cảng Sài Gòn còn bất ngờ có công văn gửi Công ty mẹ - Tổng công ty Hàng hải Việt Nam và Bộ GTVT kiến nghị Thủ tướng Chính phủ cho thoái hết vốn khỏi dự án Khu phức hợp Nhà Rồng - Khánh Hội.
Lý do được đưa ra để xin thoái vốn tại Ngọc Viễn Đông là với ngành nghề kinh doanh chính là khai thác cảng biển, việc quản lý bất động sản không phải thế mạnh của Cảng Sài Gòn. Việc thoái vốn tại Ngọc Viễn Đông sẽ giúp Cảng Sài Gòn có thêm ít nhất 300 tỷ đồng cho các dự án di dời, phát triển cảng biển.
Tuy nhiên, vào đầu tháng 1/2019, Cảng Sài Gòn đã bất ngờ thay đổi ý định, đề xuất xin dừng việc thoái vốn tại công ty Ngọc Viễn Đông. Cũng từ đó đến nay, dự án vẫn chưa có tiến triển.
Trên báo cáo tài chính hợp nhất năm 2020, Cảng Sài Gòn ghi nhận hai khoản phải trả dài hạn từ Ngọc Viễn Đông bao gồm khoản 79 tỷ đồng tiền ứng vốn để thực hiện di dời, trả người lao động và 850 tỷ đồng tiền ứng vốn để thực hiện Dự án cảng Sài Gòn - Hiệp Phước.
Với khoản tiền 850 tỷ đồng, Cảng Sài Gòn cho biết, theo thoả thuận bàn giao ngày 31/8/2017, Ngọc Viễn Đông đã bàn giao lại nguyên trạng cho Cảng Sài Gòn tiếp tục quản lý, khai thác, kinh doanh tại khu dự án Cảng Nhà Rồng – Khánh Hội. Công ty có trách nhiệm hoàn tất việc di dời, xử lý tài sản trong điều kiện Ngọc Viễn Đông phải hoàn tất thủ tục pháp lý về đất đai dự án.
Khu Cảng Nhà Rồng – Khánh Hội có vị trí tiếp giáp trung tâm Quận 1 được quy hoạch thành siêu dự án khu đô thị, thương mạiven sông Sài Gòn. (Ảnh: Nguoiduatin).